Ağrı Dağı’nın yakınında, Doğubeyazıt’ın 5 kilometre uzağında eski Doğubeyazıt yanında sarp kayalar üzerine kurulmuş, kartal yuvasını andıran 116 odalı bu saray aslında türbesi, camii, surları, iç ve dış avluları, divan ve harem salonları, koğuşları ile bir bey kalesidir. Sarayın yapımını 1685’de Doğubeyazıt Sancak Beyi Çolak Abdi Paşa başlatmış, oğlu Çıldır Valisi İshak Paşa ve onun oğlu Mehmet Paşa tarafından 1784’te bitirilmiştir. 7.600 metrekarelik bir sahada yapılan sarayın inşası 99 yıl sürmüştür.
Türk mimarisinin en güzel örneklerinden olan İshakpaşa Sarayı, Türkistan, Selçuklu ve Osmanlı mimari özelliklerini birleştiren bir yapıdır. Camiinin kubbeleri Türkistan kubbeleri gibidir. Sarayı Topkapı Sarayı’nı andırır, kapıları ise Selçuklu stilindedir. 50×115 metre alanı kapsayan sarayın Harem Dairesi iki katlı, diğer bölümleri tek katlı idi. Günümüzde ikinci kat tamamen yıkılmış durumdadır. Saraya ancak doğudaki tepeden açılan bir kapıdan girilir. Diğer tarafları 20-30 metre yükseklikte sağlam duvarlarla çevrilidir. Kapıdan, önce dış avluya girilir. Dış avlunun etrafında uşak ve seyis odaları ve tavlalar vardı. Dış avludan iç avluya kemerli tak şeklinde büyük bir kapıdan girilir. İç avluda çeşitli odalar ve koğuşlar vardı. Ortadaki harem dairesinin duvarlarında İshak Paşa’yı öven yazılar bulunmaktadır. Kapının iki yanında iki aslan heykeli vardır. Divan odası (toplantı salonu) ise 20 metre genişlik ve 30 metre uzunluktadır.
Ruslar, Doğubeyazıt’ı işgal ettiklerinde, burasını karargah olarak kullanmış ve saraya ait kıymetli eşyaları yanlarında götürmüşlerdir. Bugün, sarayın 13×6,5 metre ebatlarındaki som altından yapılan kapısı Moskova Müzesi’ndedir. Eskiden sarayın olduğu yer, sarayın tam ortada bulunduğu bir yerleşim merkeziydi. Ova tarafında evler, diğer yanlarda camiler, mezarlık ve diğer yapılar vardı. Fakat bu yapıların hepsi yıkılmıştır. Saray son yıllarda yapılan tamirat ile tamamen yıkılmaktan kurtarılmıştır.
Türkler programından