12. yy. sonunda Batı Avrupa’da mezhep ayrılığı güdenlerin ve dinden çıkanların sayısı giderek artıyor, krallarla prensler bu kargaşalıklara kıyımlarla tepki gösteriyorlardı. bu yüzden papa İnnocentius III, kiliseye bağlı resmi bir kuruluş örgütlemeye karar verdi: Engizisyon. Bu kuruluşla “dinsizleri” yakalamak ve yargılamak görevi Dominiken tarikatine verildi. Dominikenler, bu uğursuz görevi bütün Avrupa’da yürütürken özellikle Fransa’da Katharlar’a karşı giriştikleri mücadelede büyük gayret gösterdiler.
Engizisyoncu, bir bölgeye gelir gelmez önce halkı toplayıp bir vaaz verir ve iki emirname yayınlardı. Bunlardan imam emirnamesi; bütün dindarları, dinsizleri ele vermeye zorunlu kılar, aksi hareket edenlerin aforoz cezalandırılacağı bildirilirdi. Bağışlama emirnamesi ise dinsizlere, din yoluna dönmek için on üç ile otuz gün arasında değişen bir süre tanıyordu.
bir dinsiz, pişmanlık duyarsa oruç, kutsal yerleri ziyaret, bir manastıra kapanma gibi cezalara çarptırılırdı. pişmanlık duyduğunu belirtmeyen suçlunun cezası ise işkence ve yakılarak öldürülmekti. engizisyonun suçluya verdiği bu hüküm bir törenle açıklanırdı.
yukarıda da belirtildiği gibi engizisyon mahkemelerinde cezalar çok değişikti: kırbaçlama, korkunç işkenceler, mallarına el koyarak ömür boyu hapis veya mahkumun, kiliseye bağlı olmayan yöneticilere, yani suçluya verilen “yakılarak ölüm” cezasını yerine getirmekle görevli prens veya krala teslim edilmesi.
13. yy. ortasında engizisyon korkunç bir silah haline gelmişti. dinsizlik, büyücülük veya sihirle, dine saygısızlık veya zina ile suçlanan herkes, işkencenin bütün inceliklerini kullanan keşişlere teslim ediliyordu. başlangıçta bütün bunlara boyun eğen halk, 14. yy.da bu şiddet hareketlerine karşı ayaklandı ve papa, Engizisyon kurulunun yetkilerini kısıtlamak zorunda kaldı.